La Inquisición (el Santo Oficio de la Inquisición) vino al Nuevo Mundo poco después del establecimiento de los primeros virreinatos:en 1570 a Nueva Castilla y en 1571 a Nueva España. Irónicamente, la Inquisición en España produjo una emigración de judíos al Nuevo Mundo donde algunos después caerían víctimas de la Inquisición de nuevo por haber conservado costumbres judaizantes. Una vez juzgados por la Inquisición, los reos se entregaban a las autoridades seculares. Además de los judíos y conversos (judíos que profesaban ser cristianos), un gran porcentaje de los acusados eran negros, mulatos y mestizos. La Inquisición fue abolida en España en 1812 y un año más tarde en Nueva España.
Otro aspecto del control que ejercía El Santo Oficio de la Inquisición fue la censura de libros. Poseer un libro registrado en el Index Librorum Prohibitorum (Índice de libros prohibidos) podía pagarse con pena de muerte. La diseminación de libros impresos también quedaba bajo autoridad eclesiástica. Pero como muchas de las leyes procedentes de España, la prohibición de llevar libros de caballería "se acataba pero no se cumplía."
La imprenta vino a Nueva España en 1535. Tardó medio siglo en llegar a Lima en 1584. Al principio la imprenta servía la misión religiosa de imprimir libros para apoyar la misión de educar a los indígenas. Se imprimían catecismos, sermones, doctrinas cristianas y muchos glosarios de vocablos indígenas para poder diseminar la palabra de Dios en la lengua nativa.
Irónicamente, la obra de uno de los primeros grandes autores americanos, Sor Juana Inés de la Cruz (1648-1695), se publicó en su mayoría en España y póstumamente. Nacida en México, hija natural de padre español --tal vez vasco-- y madre criolla, Sor Juana desarrolló muchos temas de interés americano, además de temas religiosos y feministas.